这年九月初，丘处机应马丹阳等师兄相邀，于九月九日在宁海为师父王重阳作圣诞醮事。上表过后，忽见空中有祥云自东南方来，王重阳师父现身坐于白龟之上。当时参加活动的重阳弟子和数百名信众们都亲眼目睹了祖师仙容。大家欢呼跳跃，向空中膜拜。

不久，孙不二于洛阳羽化成仙，马丹阳也于同年在宁海飞升。丘处机此时又收下一些弟子，其中有几位是当年马丹阳弟子，如尹志平、宋德芳、于志可、夏志成、潘德冲等。后来，这些人成为丘处机所创龙门派第二代主要传人。

丘处机在燕京住了半年时间，多次辞行，金世宗未许，并常召他进宫议事。处机知世宗大限将至，就再三恳请归山，世宗见其去意已决，只好答应，并赐给金钱十万，处机坚辞不受。女真将士蒲察启亮护送丘处机回到祖庵后，拜处机为师，处机为其取名蒲察道渊。

金世宗驾崩后，章宗继位。一些原来反对丘处机的地方官员再次上疏说他在陕西一带发展门徒太多，建议朝廷下禁止令。章宗准奏，下旨命丘处机东归故里。丘处机只好带着赵虚静、宋道安等几名弟子回到山东栖霞，当地道众迎接丘处机到太虚观任主持。

丘处机在山东一住就是十多年时间，他利用这段时间总结自己多年锻炼与苦修、苦行经验，写成了《摄生消息论》、《大丹直指》等著作。为后人留下了宝贵的养生知识与修道经验。