原乾元观道太上祖像（1936年摄）

茅山乾元观的道脉传承主要以元明时期为分割线。

茅山是上清经法的发源地，尤其经过陶弘景宗师的收集和整理后，不管从经典义理还是教团组织、活动形式等都得到了空前的发展；唐宋时期，茅山派的发展可谓达到了巅峰，髙道倍出，道观四起。茅山内外研修上清经法者蔚然成风。乾元观也因茅山宗师第八代陶弘景、十三代李含光、二十三代朱自英道长等居住而得到皇室敕建。

元代，北方全真派兴起，由于全真派提倡的三教合一、性命双修等修习方法鲜明异于以符箓为主的正一派，兼之朝廷的扶持，发展日益强盛。到了元末明初，时已渐微的茅山在战火的蹂躏下更是雪上加霜，教徒飘徙。全真龙门派第十四代传人闫希言四海云游，经过乾元观，见观宇倾颓，遂留驻下来，发心重兴乾元，开创了“全真龙门复字岔派--闫祖派”，以乾元观为传教基地，广传全真教法。这也标志着全真派传入茅山（见《茅山道院》2007年第八期何春生道长《明清全真道在茅山的传播略识》）。闫祖派谱系原有40个字，现仅存25个字，具体如下：

复本合教永

圆明继象先

修成隆绪业

历代嗣宗传

童心容易得

现有可查闫祖派字辈传人如下：

闫复真（闫祖）——江本实、王合心——舒本住、李合坤——李教顺——钱永成、王永虚——圆、明、继三字失查——苏象鸿——王先寅——修、成二字失查——岑隆守、李隆盛、蔡隆岗———沈绪翔—业字失查——王历功——施代铭、严代松——施嗣亨、俞嗣修、严嗣昆——张宗恭、许宗成、潘宗盛——曹传恩——杨童孝—惠心白、李心斗——赵容海、赵容山、高容亮、陈容富、周容正、陈容君——朱易经、李易昌、贺易松、王易法、朱易成

（红色姓名的传人1938年不幸被日寇杀害）

在闫祖等人的影响下，茅山道院“三宫五观”中的五观逐渐改习全真（其中白云观为乾元观的下院，同传闫祖派），俱尊乾元观为五观之首、全真宗祠、茅山唯一的子孙丛林。

清康熙时，乾元观的道脉出现了闫祖派和龙门派共存，其道脉源流及在乾元观的传承如下：

邱祖——赵道坚——张德纯——陈通微——

张静定——赵真嵩——王常月——

周玄朴——

沈静圆——卫真定——沈常敬——詹守椿、谭守诚、邵守善等

范太清（范青云

孙守一（孙玉阳）——闫太口（闫晓峰）

周太朗（周明阳）

沈常敬宗师在南京传道时收孙玉阳为徒，后同隐乾元观，孙玉阳接任住持，周太朗奉师命结庐浙江杭州金鼓洞，建鹤林道院，成为一代开山宗师；闫晓峰任乾元观讲席，协助师父共兴茅山全真教法，后带领门人改习茅山上清经法，乾元观仍由闫祖派弟子接任住持。1938年，乾元观道脉因战火中断传承。

1993年恢复重建后传全真龙门派。住持尹信慧为龙门正宗第25代传人。